日本の標高は東京湾の平均海面が基準となり、それが標高ゼロメートルと決まっているそうです。
その正確な高さを定めた水準原点は東京湾にあるのではなく、湾岸より地盤のよい国会議事堂前の憲政記念館（東京都千代田区永田町１－１）の庭にあります。
この日本水準原点の高さは、明治6年6月(1931年)から明治12年12月(1937年) までの東京湾霊岸島で測定した東京湾の平均海面を見て決められました。
水準原点は小豆島産の花崗岩でつくられた原点標石に水晶板が埋め込んであり ､この水晶板の目盛ゼロの線（法令では零分画線の中点）が基準となります。
標高は24.4140m。
明治24年（1891年）この場所に日本水準原点が初めて設置されたときの標高は 24.5mでしが、1923年の関東大震災によって日本水準原点の地盤が86.0mm沈下したため、その標高が24.4140mと改められました。
水準原点を保存している建物は工部大学校（東京大学工学部前身）
第1期生佐立七次郎（さたち･1856～1922）さんの設計で、建物は石造りで平屋建になります。
建築面積は14.93㎡で軒高4.3mローマ風神殿建築にならい、トスカーナ式 オーダー（古典建築の構成原理）をもつ本格的な模範建築で、明治期の数少ない近代洋風建築として貴重なものだそうです。
また、建物正面には「大日本帝国」「水準原点」の凝った文字が右から横書きで書かれてあり、「大日本帝国」の文字が残っている建物としても貴重であり 、現在は東京都指定有形文化財（建造物）に指定されています。
